为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的 DNA 进行比对，以判断该比对的 DNA 是否具有相关性。

现比对两条长度相同的 DNA 序列。定义两条 DNA 序列相同位置的碱基为一个碱基对，如 果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对 数量的比例，如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条 DNA 序列是相关的，否则不相关。